Bakı Slavyan Universitetinin Elmi Şurası universitetin ali idarəetmə orqanıdır. Elmi Şuranın yaradılması, səlahiyyətləri və fəaliyyətinin təşkili qaydası Nazirliyin təsdiq etdiyi müvafiq əsasnamə və Nizamnamə ilə müəyyən olunur.
Universitet fəaliyyətə başladığı ilk illərdən universitetdə Elmi Şura fəaliyyət göstərmişdr. Ənənəvi olaraq Şuranın iclasları ayda bir dəfə keçirilir. Elmi Şurada universitet üçün vacib, həlledici məsələlər müzakirəyə çıxarılaraq qərarlar qəbul edilir. Burada struktur dəyişiklikləri, strukturların hesabatları, elmlər doktoru və fəlsəfə doktoru dissertasiyaların mövzuları, universitet əməkdaşlarının elmi ezamiyyələrinin nəticələri və s. kimi məsələlər müzakirə olunur. Elmi Şuranın iclaslarında bundan başqa elmi mühazirələrdə dinlənilir. Şuranın tərkibində müxtəlif komissiyalar fəaliyyət göstərir. Bu komissiyalar əsas qərar layihələrini müzakirə edir, məsləhətləşmələr aparır. Bundan başqa xarici ölkə unversitetlərilə əməkdaşlığa dair müqavilələrin bağlanması mərasimləri də Elmi Şura iclası formatında keçirilir. Universitet Şuranın qərarlarına asasən dünyanın tanınmış siyasi, elm və mədəniyyət xadimləri universitetin Fəxri Doktoru adı ilə təltif olunmuşlar. Universitetin ilk Fəxri Doktoru Rusiya Prezidenti V.Putin olmuşdur. V.Putinə Fəxri Doktoru diplomunun təqdimat mərasimində Ulu Öndər Heydər Əliyev də iştirak etmişdir.